Bệnh thương hàn là bệnh nguy hiểm bởi các biến chứng. Biến chứng  trong bệnh thương hàn nguyên nhân do độc tố, do vi khuẩn thương hàn, do tai biến kháng sinh.

Hiện nay, do hiểu biết về cơ chế bệnh sinh của bệnh và sự tiến bộ của y học các biến chứng của bệnh thương hàn đã giảm nhưng vẫn còn gặp các biến chứng sau:

Biến chứng đường tiêu hóa:

• Xuất huyết tiêu hóa: gặp với tỉ lệ 15%, thường vào tuần thứ 2-3 của bệnh. Do viêm loét mảng Payer gây tổn thương mạch máu.

  

Thể nhẹ: đại tiện phân đen, ít, toàn thân không bị ảnh hưởng.

Thể nặng: với biểu hiện đau bụng, đại tiện phân máu thẫm, số lượng nhiều, da xanh, vã mồ hôi, mạch nhanh nhỏ, huyết áp tụt. Nhiệt độ hạ. Xét nghiệm có hồng cầu giảm, hemoglobin giảm.

• Thủng ruột: gặp với tỷ lệ khoảng 1-3% thường vào tuần thứ 2-3 của bệnh hoặc vào giai đoạn phục hồi chủ yếu do chế độ ăn không hợp lý.

Thể điển hình: bệnh nhân đau bụng dữ dội vùng hố chậu phải hoặc lan tỏa khắp bụng. Khám thấy bụng chướng, có phản ứng thành bụng rõ, gõ mất vùng đục trước gan. Mạch nhanh nhỏ, huyết áp tụt, chân tay lạnh, vã mồ hôi. Chụp xquang bụng tư thế đứng thấy hình ảnh liềm hơi dưới cơ hoành, xét nghiệm bạch cầu máu tăng.

Thể tiềm tàng: gặp khoảng 25% các trường hợp, thể này khó chẩn đoán, phải chụp ổ bụng khi nghi ngờ.

• Ngoài ra có thể gặp các biến chứng khác: như viêm đại tràng, viêm ruột thừa, liệt ruột, viêm tụy xuất huyết, viêm lưỡi nhưng ít gặp.

Biến chứng tim mạch:

• Viêm cơ tim: đau ngực, mạch nhanh, tiếng tim mờ, huyết áp bệnh nhân giảm. Có thể có rối loạn nhịp tim hoặc sốc tim dẫn đến tử vong. Điện tim có hình ảnh sóng T dẹt, âm tính, ST đảo ngược.
• Trụy tim mạch: biểu hiện của choáng nội độc tố: mạch nhanh, nhỏ, huyết ạp tụt, vã mồ hôi, chân tay lạnh, mệt lả.

Biến chứng gan mật:

• Viêm gan: vàng da, gan to. Xét nghiệm men gan thấy SGOT, SGPT tăng nhẹ dưới 5 lần so với giá trị bình thường.
• Viêm túi mật: gặp với tỷ lệ 1-2 % các trường hợp bệnh nhân. Biểu hiện: đau hạ sườn phải, vàng da, điểm túi mật đau, dấu hiệu Murphy dương tính.

Các biến chứng hiếm gặp:

• Viêm não
• Viêm màng não do thương hàn: ở bệnh nhân xuất hiện các dấu hiệu của màng não, dịch não tủy trong, xét nghiệm dịch não tủy thấy bình thường, protein tăng nhẹ, có thể phát hiện được vi khuẩn thương hàn trong dịch não tủy.
• Viêm cầu thận, hội chứng thận hư.
• Biến chứng nhiễm khuẩn khu trú ở các cơ quan: hầu hết cá cơ quan đều có thể bị áp xe bởi vi khuẩn thương hàn như: phổi, viêm họng, viêm đài bể thận, viêm bàng quang.